闽江口，马尾港内，聚集了四百余条清军战船，两万余名纵横海上的郑军降军。
赵铭袭扰沿海，使得清廷对于水师提起了重视，清军进入福建招降郑芝龙后，便有意整编郑军水师，使之成为清廷的福建水师。
此时清廷设立福建水师提督一职，由汉军正蓝旗，满清崇德年间投降的锦州人陈锦来担任。
陈锦此人比较有能力，清军入关后，授登莱巡抚，平定了青州、登州、莱州等地反清起义，后擢操江总督，与招抚大学士洪承畴并驻江宁。
赵铭一入长江，兵逼南京后，他主持江防，乃是洪承畴的得力助手，于各险要之处修建炮台，沿江设烽墩，使声势相通，将东海水军挡在崇明岛。
在满清朝廷的眼里，陈锦算是知水师之人，所以被委任为福建水师提督。
历史上满清第一任福建水师提督是施琅，而陈锦则是闽粤总督。
福建沿海郑成功水师纵横，陈锦却被任命为闽粤总督，足见他对水师确实有些研究。
镇海号领三艘炮船，二十余艘福船，出现在闽江入口海域。
在得知正鴻逵已经于十五日自金门、厦门出发，藏于妈祖列岛的三千明军水师，开始主动接近闽江口，引清军水师出战。
明军水师大小战船二十四艘，清军水师两万余众，船只四百余艘，明军水师官兵，还是感受到巨大的压力。
十九日，辰时三刻，约上午七点四十五分。
郭忠率领船队接近闽江口，明军将士心中感受到一阵压力，而就在镇海、镇远、镇夷、镇东四艘炮舰乘风破浪之际，左翼镇夷号的桅杆上，忽然打起旗号，“发现敌舰！”
各艘明军战船，迅速向旗舰靠拢，而郭忠果然看见闽江入海口，有几个小黑点出现在海平面上，令明军水师官兵心里“咯噔”一下，都提起了警惕。
辰时五刻，约上午八点十五分。
清军船支发现明军站船，船上水手忽然惊呼，“敌船！”
在福建沿海，被清军称之为敌船的，只有明军的战船。
清军水师看见出现的明军舰队，立时分成两股，一队返回，给岸边墩台发信号告知马尾港内清军，一队继续游弋监视明军舰队。