阶级压迫和宗教迫害双重利刃被加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。
修道士角藏、教徒三吉全家死引起了更大的愤怒，十月二十日，岛原有马村爆发一揆，林兵右卫门家中被愤怒的农民冲进，当场打死，上千名暴民攻占藩武器库，团团包围住了松仓氏的本城——岛原城。
十月二十七日，在天草时贞带领下，天草群岛也爆发土一揆，与岛原义军遥相呼应，大量信奉天主教的浪人和武士开始加入。
至此轰轰烈烈的岛原之乱拉开了帷幕。
天草群岛乃是肥前国唐津的谱代大名大久保氏的飞地，唐津藩的代官三宅重利领兵镇压暴乱，却于十一月十四日被天草一揆打败，身首异处。天草一揆进而包围了富冈城。
得知岛原叛乱，十二月十日，幕府急调两万重兵前往围剿，这时岛原两处义军已经合二为一，他们杀死原城城主小岛五兵卫，击毙了恶贯满盈的松仓家家老，退守原城。
义军便以原城为基地，在城头竖起了十字架和“万物为一体，尊卑无区别”的大旗。
原城本为废城，但城墙土垒尚属坚固，义军据城而守，成功打退幕府两次进攻，第三次攻城时，幕府将领板仓重昌身中流弹而死，幕府军大败。
虽然起义军取得了前期的胜利，但是前景不容乐观。
起义军全部是农民，而且其中有三分之二是妇女、小孩和老人，北九州地区是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在大殉教后都被迫潜伏了下来，趁着这次动乱再度抬头。
参加起义的岛原、天草农民共三万七千余人，其中有战斗力的只有一万三千余人，其状况与大明的流寇相仿。天草四郎自知独木难支，不但写信给长崎的荷兰人求援，还写信给罗马天主教廷梵蒂冈，请求支援。
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正当天草四郎积极备战，应对幕府更大规模进攻时。
一六三七年十二月二十日，天草四郎迎来了一位特殊的客人，也是他盼望已久的人。
“陈桑，天草对您可是翘首以盼呀，快快请坐。”天草四郎热情地招呼道。
“天草君，我给你介绍一下，这位是我的长官谷秀全先生，同时也是一位教友。”陈先生介绍的正是天策军军事调查局局长谷秀全。
说谷秀全是天主教徒，完全是瞎掰，他只不过是因为工作需要从汤若望那里学了点皮毛而已。
这位陈先生原名陈应宗，确实是一位天主教徒，他是在平户被军事调查局发展的外围成员，专门为了执行此项特殊任务而来的，所以精通日语。